私たちの体には、害を及ぼす異物が入ってくると、その異物を攻撃して体の外に追い出そうとする力が備わっています。これが免疫システムです。 花粉症の場合は、体が花粉を害のある異物だと誤った判断をしたことにより、免疫反応の一種であるアレルギー反応が起こります。

体に侵入してくる異物を「抗原」といい、そのなかでもアレルギー症状を起こす物質を「アレルゲン」と呼びます。花粉のほかにも、ダニやほこり、食物などがアレルゲンになることがあります。
花粉が鼻や目から体に侵入すると、その刺激で「IgE抗体」という物質がつくられ、「マスト細胞（肥満細胞）」に結合します。このとき、花粉は体内から追い出すべき異物、と記憶されるのです。その後、再び侵入してきた花粉が鼻などの粘膜に付着すると、ヒスタミンやロイコトリエンなどの化学物資を放出します。この反応が鼻の粘膜で起こるとくしゃみや鼻みず、鼻づまりが出現し、目の粘膜で起これば目のかゆみや涙目といった症状が現れます。抗体ができるかどうかは体質によって決まります。

花粉症の症状は、主にアレルギー性鼻炎とアレルギー性結膜炎です。
アレルギー性鼻炎の３大症状は、くしゃみ、鼻みず、鼻づまりです。 人によって、くしゃみと鼻みずがひどいタイプと、鼻づまりがひどいタイプ、３つともあるタイプ（充全型）に分かれます。
アレルギー性結膜炎は、目のかゆみ、充血、涙目などが主な症状です。
ほかに、せきやのどのかゆみ、いがらっぽさ、肌あれ、頭痛などが現れる人もいます。

また、花粉症対策の基本は花粉をあびないことですが、それに加え、各症状に有効な対策を行うことが大切です。

花粉症専用マスクは、花粉をブロックする機能が高いことがわかっていますが、人によっては少し息苦しく感じることもあるようです。
普通のマスクでも、マスクの内側にガーゼを当てる「インナーマスク」を使用することで99％の花粉が除去できるそうです。（「花粉症環境保健マニュアル2014」環境省）

花粉症の症状は風邪とよく似ています。しかし、 アレルギー反応により起こる花粉症と、ウイルスなどの感染で起こる風邪はまったく異なる病気です。
見分けるポイントは、どんな鼻みずが出るか、1日のうちでいつ症状が強くなるか、どのくらい症状が続くかなどです。